Example: Neolithic Gallery graves

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library(mortAAR)
library(magrittr)

Make test data available

Data from four neolithic gallery graves in central Germany (Czarnetzki 1966).

td <- gallery_graves

Inspect the data. Show the first ten rows of the data set:

indnr	sex	age	site
2	m	20-30	Niedertiefenbach
7	m	20-30	Niedertiefenbach
9	m	40-50	Niedertiefenbach
9t	m	50-60	Niedertiefenbach
23	m	20-30	Niedertiefenbach
30	m	20-30	Niedertiefenbach
39	m	20-30	Niedertiefenbach
45	m	20-30	Niedertiefenbach
58	m	30-40	Niedertiefenbach
69	m	20-30	Niedertiefenbach

Clean up data

Replace: “?” with NA values.

td %>% replace(td == "?", NA) -> td

indnr	sex	age	site
2	m	20-30	Niedertiefenbach
7	m	20-30	Niedertiefenbach
9	m	40-50	Niedertiefenbach
9t	m	50-60	Niedertiefenbach
23	m	20-30	Niedertiefenbach
30	m	20-30	Niedertiefenbach
39	m	20-30	Niedertiefenbach
45	m	20-30	Niedertiefenbach
58	m	30-40	Niedertiefenbach
69	m	20-30	Niedertiefenbach

Translate “inf_I”, “inf_I” and “juv” into numeric age ranges (Martin 1928, 580).

td <- td %>% 
  replace(td == "inf_I",  "0-6") %>%
  replace(td == "inf_II", "7-13") %>%
  replace(td == "juv",    "14-19")

indnr	sex	age	site
2	m	20-30	Niedertiefenbach
7	m	20-30	Niedertiefenbach
9	m	40-50	Niedertiefenbach
9t	m	50-60	Niedertiefenbach
23	m	20-30	Niedertiefenbach
30	m	20-30	Niedertiefenbach
39	m	20-30	Niedertiefenbach
45	m	20-30	Niedertiefenbach
58	m	30-40	Niedertiefenbach
69	m	20-30	Niedertiefenbach

Remove rows that do not have age information.

td <- td %>%
  dplyr::filter(!is.na(age))

indnr	sex	age	site
2	m	20-30	Niedertiefenbach
7	m	20-30	Niedertiefenbach
9	m	40-50	Niedertiefenbach
9t	m	50-60	Niedertiefenbach
23	m	20-30	Niedertiefenbach
30	m	20-30	Niedertiefenbach
39	m	20-30	Niedertiefenbach
45	m	20-30	Niedertiefenbach
58	m	30-40	Niedertiefenbach
69	m	20-30	Niedertiefenbach

Make a decision on individual 139 from Niedertiefenbach with age less or equal 60.

td[td$indnr == "139" & td$site == "Niedertiefenbach", ]$age <- "50-60"

indnr	sex	age	site
2	m	20-30	Niedertiefenbach
7	m	20-30	Niedertiefenbach
9	m	40-50	Niedertiefenbach
9t	m	50-60	Niedertiefenbach
23	m	20-30	Niedertiefenbach
30	m	20-30	Niedertiefenbach
39	m	20-30	Niedertiefenbach
45	m	20-30	Niedertiefenbach
58	m	30-40	Niedertiefenbach
69	m	20-30	Niedertiefenbach

Separate the age range column.

td <- td %>%
  tidyr::separate(age, c("from", "to"))

## Warning: Expected 2 pieces. Missing pieces filled with `NA` in 1 rows
## [35].

indnr	sex	from	to	site
2	m	20	30	Niedertiefenbach
7	m	20	30	Niedertiefenbach
9	m	40	50	Niedertiefenbach
9t	m	50	60	Niedertiefenbach
23	m	20	30	Niedertiefenbach
30	m	20	30	Niedertiefenbach
39	m	20	30	Niedertiefenbach
45	m	20	30	Niedertiefenbach
58	m	30	40	Niedertiefenbach
69	m	20	30	Niedertiefenbach

Adjust variable types.

td <- td %>%
  transform(
    from = as.numeric(from),
    to = as.numeric(to)
  )

Analysis preparation

Control the flow of the analysis by exemplifying what the different variables of the input data stand for.

# tdlist <- td %>%
#   plyr::dlply("site", identity)

td_prepared <- prep.life.table(
  td, 
  dec = NA, 
  agebeg = "from",
  ageend = "to", 
  group = "site", 
  method = "Standard",
  agerange = "included"
)

Analysis

td_result <- td_prepared %>%
  life.table()

Plot

td_result %>% plot(display = c("qx", "dx", "lx"))

## Warning: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_line()`).

td_result %>% plot(display = c("ex", "rel_popx"))

## Warning: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range
## (`geom_line()`).

References

Czarnetzki, A. 1966. “Die Menschlichen Skelettreste Aus Vier Neolithischen Steinkisten Hessens Und Niedersachsens.” Dissertation. Tuebingen.

Martin, Rudolf. 1928. Lehrbuch der Anthropologie in systematischer Darstellung. Mit besonderer Beruecksichtigung der anthropologischen Methoden. Band 2: Kraniologie. 2. ed. Jena: G. Fischer. https://doi.org/10.11588/diglit.37612.

Clemens Schmid